DNA Rekombinan

-
Pernahkan anda mendengar istilah tanaman transgenik atau Genetically Modified Organism (GMO)? Salah satu contoh tanaman transgenik tembakau yang dapat bependar seperti gambar di bawah ini. 



Sumber: Nature.com



Apa sih GMO itu?
GMO adalah organisme yang secara genetik telah dimodifikasi dengan menambahkan gen asing ke dalam genomnya. 

Bagaimana tahapan untuk isolasi dan purifikasi DNA?
Purifikasi DNA genom
1. Kultivasi sel dalam media yang sesuai
Sel bakteri yang ingin diisolasi genomnya dibiakkan pada media yang sesuai, sehingga mendukung pertumbuhan bakteri. 

2. Pemecahan dinding sel
Pemecahan dinding sel bakteri dapat dilakukan secara fisik (dengan cara sonikasi), secara kimiawi (dengan enzim lisozim, etilen diamin tetra asetat (EDTA), sodium dedosil sulfat (SDS). 

3. Ekstraksi DNA genom
Setelah dinding sel pecah, tahap selanjutnya adalah memisahkan debris sel dengan cara sentrifugasi. Proses sentrifugasi akan memisahkan komponen sel yang tidak larut dengan supernatan sel yang jernih. 

4. Purifikasi DNA
Supernatan sel tersebut mengandung DNA, protein, dan juga RNA dalam jumlah yang cukup besar. Untuk memurnikan DNA, umumnya dilakukan dengan menambahkan larutan fenol atau campuran fenol dan kloroform dengan perbandingan 1:1. Langkah ini bertujuan untuk mengendapkan protein melalui sentrifugasi dan dihancurkan dengan proteinase. Selanjutnya, untuk membersihkan dari RNA, ditambahka RNAse. 

Selanjutnya, molekul DNA dimurnikan melalui "presipitasi etanol." Pada larutan garam dengan suhu -20 derajat celcius, etanol dapat mengendapkan DNA dengan baik, sehingga mudah dipisahkan dengan sentrifugasi. 

Purifikasi DNA plasmid
Ukuran DNA plasmid jauh lebih kecil dibanding ukuran DNA genome. Untuk memperoleh DNA plasmid murni, dapat dilakukan teknik sentrifugasi gradient etidium bromida sesium klorida. 



***



Enzim Restriksi Endonuklease






Enzim restriksi endonuklease berperan dalam memotong molekul DNA pada urutan basa yang sangat spesifik. Gambar di atas menunjukkan beberapa jenis enzim restriksi endonuklease dengan urutan basa spesifik sebagai situs pemotongan enzim tersebut. Pada gambar di atas, dapat pula dilihat dua jenis hasil pemotongan enzim restriksi, yakni enzim yang menghasilkan porongan dengan ujung tumpul (AluI dan HaeIII) dan ujung lengket (BamHI, EcoRI, dan HindIII).


***


Reaksi Digesti

Reaksi digesti DNA oleh enzim restriksi umumnya terjadi pada kondisi optimum. Enzim restriksi umumnya bekerja pada pH 7.4, dengan suhu 37 derajat celcius. Salah satu faktor kunci yang harus diperhatikan dalam melakukan reaksi digesti adalah penggunaan jumlah DNA, enzim, dan buffer dalam volume yang sesuai. Satu unit enzim restriksi akan memotong 1 mikrogram DNA secara sempurna dalam 50 mikroliter reaksi selama 1 jam. 









Bahan Bacaan:
1. Protokol Reaksi Digesti
2. Protokol Reaksi Digesti
3. Peta Restriksi
4. Northern Blot
5. Glowing Plants Spark Debate
7. Making Recombinant DNA
8. DNA Rekombinan






Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Mie Instan

-
Sejak duduk di bangku sekolah dasar, mie instan sudah termasuk dalam daftar makanan "terlarang" untuk saya, termasuk untuk adik saya. Bukan karena kami tidak suka, tetapi karena ibu melarangnya. Bukannya menghentikan konsumsi mie instan,  kami malah semakin penasaran. Tak jarang  kami makan mie instan tanpa sepengetahuan ibu.  Apa cuma kami yang masa kecilnya dilalui dengan makan mie  mentah sembunyi-sembunyi? Di bangku kelas lima sekolah dasar (SD), indomie goreng mentah adalah salah satu menu favorit saat istirahat. Satu bungkus indomie goreng harganya sekitar seribu rupiah, dengan kemasan yang masih persis sama dengan yanga beredar di pasaran saat ini. Untuk mengolah mie instant ini, kami tidak perlu panci, air, dan kompor untuk merebus. Pengolahan ala anak seusia kami saat itu bahkan lebih instant dari yang ditampilkan disaran penyajian, cukup dengan mengepalkan tangan lalu memberi tekanan berupa tumbukan berkali-kali hingga mie instant yang masih terbungkus rapat i
Baca selengkapnya

PERBANDINGAN ANATOMI DAUN TANAMAN C3 DAN C4

-
Gambar
Fotosintesis merupakan serangkaian proses untuk mengubah energi cahaya (foton) menjadi energi kimiawi (karbohidrat). Proses fotosintesis pada tumbuhan utamanya berlangsung pada sel-sel parenkim palisade yang banyak mengandung kloroplas. Secara umum, proses fotosintesis pada tumbuhan berlangsung melalui dua tahapan utama, yaitu: (1) Reaksi terang di membran luar tilakoid, dan (2) reaksi gelap atau Siklus Calvin di stroma. Reaksi terang ( Light dependent reaction ) merupakan proses untuk mengubah energi cahaya menjadi energi kimia berupa ATP dan NADPH. Energi dari ATP dan NADPH inilah yang selanjutnya digunakan sebagai sumber energi dalam reaksi gelap ( Light independent reaction ) . Reaksi gelap yang berlangsung di stroma merupakan proses yang tidak bergantung cahaya. Meskipun namanya reaksi gelap, bukan berarti reaksi gelap ini berlangsung pada kondisi gelap atau pada malam hari. Reaksi ini dapat berlangsung jika sudah tersedia ATP dan NADPH dari reaksi terang dan
Baca selengkapnya

Pesan Inspiratif dari Tiga Film Favorit

-
Gambar
"Kak Citra, suka baca novel atau nonton film?" "Kalau ada novel yang difilmkan? Lebih suka baca novelnya, sih." "Kenapa?" "Ya, karena novel selalu lebih detail. Tidak semua hal dari novel bisa dimasukkan ke film, kan?" Membaca potongan percakapan itu, kalian mungkin berpikir saya benar-benar suka membaca novel. Tidak juga. Kenyataannya, saya hanya membaca novel-novel  best seller yang direkomendasikan teman atau novel yang diangkat menjadi film. Dibandingkan novel, saya lebih bisa bercerita banyak soal film, meskipun belum bisa disebut penggemar film garis keras.  Di sekeliling, banyak teman yang hobi nonton dan mengulas film. Ada yang menuliskan ulasannya di blog, ada juga yang membagikan di sosial media. Kalau mereka memberi rate 9/10 atau 10/10, saya biasanya baru tertarik untuk nonton film itu. Hehe. Nah, dari semua film yang saya tonton, ada satu pertanyaan yang harus terjawab, "Pesan apa yang ingi
Baca selengkapnya